CONSEIL SUPÉRIEUR

Le Conseil supérieur, instance suprême des Écoles européennes, est composé des ministres de l'Éducation nationale de chaque État membre de l'Union européenne, habituellement représentés par de hauts fonctionnaires du ministère de l'Éducation nationale ou des Affaires étrangères, des représentants de la Commission de l'Union européenne et de l'Office européen des brevets, les Directeurs, les représentants du corps enseignant et des associations de parents d'élèves.
Le Conseil supérieur a compétence dans les domaines pédagogique, administratif et budgétaire et est représenté par le Secrétaire général.

CONSEIL D'ADMINISTRATION DE L'ÉCOLE

Présidé par le Secrétaire général, en sont membres - entre autres- le Directeur de l’école et deux représentants élus des professeurs.
Les Conseils d’administration décident des questions de gestion et d’administration des écoles, préparent le budget et en contrôlent l’exécution. Ils sont chargés de régler les problèmes quotidiens et de créer un climat propice au bon fonctionnement de l’école. 

AUTORITÉ CENTRALE DES INSCRIPTIONS

L’APEEE participe aux assemblées de l’Autorité centrale des Inscriptions (CEA), présidé par le bureau du Secrétaire général des Écoles européennes.

COMITÉ CONSULTATIF DE L’ÉCOLE

Organisation générale de l'Ecole présidée par le Directeur de l'Ecole.

CONSEIL D’ÉDUCATION (CE) (MATERNEL/PRIMAIRE)

Organe consultatif de l’École sur des questions d’ordre éducatif concernant les cycles maternel et primaire.

CONSEIL D’ÉDUCATION (CE) (SECONDAIRE)

Organe consultatif de l’École sur des questions d’ordre éducatif concernant le cycle secondaire.

COMITÉ POUR L’HYGIÈNE ET LA SÉCURITÉ DE L’ÉCOLE

Organe consultatif de l’École sur des questions concernant la sécurité, l’accessibilité, le bien-être.

COMITÉ SPRINGFEST

Comité pour l'organisation de l'événement annuel SpringFest.

COMITÉ DES PROJETS COMMUNS

Sert de cadre de coopération entre l'école et l'APEEE en matière de projets communs concernant l'école.
Ce comité est composé de lae président·e et de lae trésorier·ère de l'APEEE et lae directeur·ice de l'école et lae directeur·ice adjoint·e Administration.